לאורך החופים היפהפיים שבתחומי השמורה ניתן למצוא מגוון אתרי צלילה, בהם אתרים הנגישים בסירה, כמו למשל: הנקרות – בראש הנקרה, קניון אכזיב, הגוררת איתנה, "המרכב" ועוד. בנוסף ישנם אתרים שניתן להגיע אליהם מהחוף, כמו "עמוד 5", שפך נחל כזיב ("מערות אכזיב") וחוף מפרץ סער ("מנהרת אכזיב" או "מערת אכזיב"). לאורך קו החוף של השמורה ישנן טבלאות גידוד רחבות ידיים, חופים חוליים, רכסי כורכר טבועים בעומק הים וגם – שתי קבוצות איים, במרחק של כקילומטר מהחוף.
קניון אכזיב הוא שבר עמוק ודרמטי בקרקעית הים, המתפרש במרחק של כקילומטר מהחוף, החל מאיי ראש הנקרה ועד לפארק אכזיב. הקניון מתחיל בעומק רדוד של כעשרה מטרים ויורד מטה בתלילות לקרקעית בעומק של כ-30 מטרים. הטופוגרפיה של האתר היא המרשימה והדרמטית ביותר לחופי ישראל. תוסיפו לזה שפע בעלי חיים ימיים – ותקבלו חוויה מרתקת ומפתיעה בכל צלילה.
ההגעה לצלילה בקניון היא באמצעות סירה בלבד, והניווט באתר הוא קל יחסית: יורדים לאורך חבל העוגן לאזור המדרון וצוללים צפונה או דרומה לאורך הערוץ, תחילה בחלקו העמוק, ובחזרה – בחלק הרדוד, עד לעוגן הספינה. אפשר לבחור כל נקודה לאורך הקניון ולהכניס בה את הראש למים, אך מועדוני הצלילה השונים אימצו כמה נקודות כניסה מועדפות, למיטב ניסיונם.
המנהרה, המכונה גם "מערת אכזיב", היא אתר צלילה מקסים המספק צלילה רדודה יחסית (מה שמעלה את הסיכוי לצלילה ארוכה), בעומק של שלושה עד חמישה מטרים. מדובר במנהרה רחבה המתחפרת מתחת ללשון היבשתית שבאזור "מפרץ סער", מצדו הדרומי של חוף הרחצה של אכזיב. לפני מספר שנים המנהרה נחסמה על ידי בולדרים גדולים בפתח המזרחי, מטעמי בטיחות, וכיום הכניסה למנהרה אפשרית רק מצדה האחד, ולא ניתן לעבור דרכה. מומלץ להיכנס למים מחוף מפרץ סער, ומשם לצלול לאורך לשון הסלע – עד למנהרה בצדה המערבי. מכאן אפשר להמשיך דרומה לאורך השונית ולחלקה החיצוני (המערבי) של טבלת הגידוד, בעומק של כשלושה עד חמישה מטרים. מאחר שלאורך טבלת הגידוד אין נקודות יציאה נוחות מהמים, מומלץ לחזור באותה הדרך ולאתר את היציאה הנוחה (יחסית), במפרץ סער.
במקום המסלול לאורך טבלת הגידוד, אפשר גם לצלול לכיוון דרום-מערב עד לשונית כורכר שקועה, ולחזור לאורך סלעי החוף.
כאמור, ההגעה לאתרי קניון אכזיב והנקרות בראש הנקרה כרוכה בהפלגה קצרה – עם אחד ממועדוני הצלילה הצפוניים שמוציאים לכאן צלילות (לא ניתן להגיע עצמאית). לאתרי החוף של אכזיב אפשר להגיע ברכב פרטי, לחנות קרוב, ולהיכנס לאתר מהחוף.
בכל אתרי הים התיכון מומלץ להיות מצוידים במצוף סימון, ולעשות בו שימוש לפי הצורך. כשאין לרשותנו סירת צוללים שמניפה דגל צוללים, מומלץ שהמצוף יהיה מנופח וייגרר עם הצוללים במהלך הצלילה, ויכלול גם דגל צלילה המזהיר את כלי השיט על הנעשה מתחת לגלים.
באתרי החוף חשוב מאוד להיות מצוידים בנעלי צלילה ("בוטיס") ורצוי כאלה עם סוליה קשיחה, כדי לאפשר כניסה למים גם באזורים סלעיים. רצוי להצטייד גם בכפפות צלילה להגנה על הידיים, משום שבאתרי החוף תנודות הגלים מורגשות יותר.
התנאים בקניון אכזיב נוחים יחסית וגם כשהים מעט גלי אפשר לצלול באתר, כתלות כמובן בניסיונם של הצוללים, בגובה הגלים ובהמלצת משיט הסירה. לרוב יש באתר זה ראות טובה, והיא יכולה לנוע ממטרים ספורים ועד 30 מטרים – ביום מצוין.
באתרי החוף רצוי לצלול כשהים שקט למדי, הכניסה והיציאה מהמים בגלי חוף גבוהים קשה ועשויה להיות מסוכנת. הראות באתרים אלה פחות טובה מאשר באתרים שבעומק הים, עקב חול שמורחף על ידי גלי החוף, אבל המנעד רחב ויש ימים בהם גם כאן הראות מצוינת (מעל 20 מטרים).
לשמחתנו האתרים הללו מוגנים בשמורת הטבע הימית, כך שניתן לצפות בהם במגוון גדול במיוחד של בעלי חיים ימיים. בנקיקי הקניון מסתתרים דגי דקר גדולים מכמה מינים, מעבר לפינה מגיחים לפתע מחבטנים שונים, הנפוצים פה במיוחד בחודשי הסתיו והחורף, דגי סחוס מיוחדים כמו האגפית המשויישת ו’’עטלפי ים’, ובשנים האחרונות הצטרפו לחגיגה מספר מהגרים לספסיים – מינים פולשים מים סוף – כגון זהרונים, תוכינונים ואחרים, שמוסיפים צבע ועניין. באתרי החוף מומלץ לחפש חסרי חוליות שונים: תמנונים, תולעים רב זיפיות, חלזונות שונים ולהקות גדולות של דגים קטנים, בעיקר בחודשי הסתיו.
חשוב להיות מצוידים במצוף סימון צוללים עקב תנועת כלי שיט. אם גלי החוף חזקים מדי, כדאי להימנע מכניסה למים באתרי החוף. אין לנסות לעבור במנהרת אכזיב – מסוכן להסתבך בתוכה. באתרי החוף יש להיזהר מרשתות דייגים באופן מיוחד: מרשתות "רפאים" (שהתנתקו ונסחפו בים) או רשתות שעודן בשימוש פעיל, וכן קרסי דיג וחכות.