הריף המקסים של מכמורת נמצא בדרום שמורה ימית חדשה יחסית, שנקראת "שמורת גדור" (או "שמורת תֵּל גְּדוֹר"). השמורה מאופיינת על ידי מצוק תלול שיורד אל חופים חוליים מרהיבים, מבודדים בחלקם, אשר משובצות בהם מספר טבלאות גידוד ואזורים סלעיים רחבי ידיים. חופה של מכמורת מגלם בדיוק את השילוב הראוי בין חול ים נעים ורך מהצד של היבשה, ושוניות סלע שחלקן מגיעות עד לפני המים – מהצד של הים. בכניסה למים מהחוף קלה והצלילה נעימה ורדודה, עם תוואי שטח מעניין, סלעים ונקיקים.
בין שכונת גבעת אולגה בצפון למכמורת בדרום, על פני רצועת חוף צרה שאורכה כשני קילומטרים, משתרעת לה שמורת תל גדור, והישר מולה במערב – שמורת ים גדור. לאורך חופה מתנשא מצוק כורכר תלול, ששיא גובהו 33 מטרים. בנקודה זו, צופה על השמורה, ניצבים שרידיו של תל-גדור, מבנה מכורכר מסותת עם עדויות להתיישבות מוקדמת עוד בתקופת הברזל. חוף השמורה סלעי, ועל טבלאות הסלע מתפתחת אוכלוסייה של חסרי חוליות ימיים. האזור החולי של החוף מוגן ושמור במיוחד משום שלכאן מגיעות צבות הים כדי להטיל את ביציהן. פקחי רשות הטבע והגנים מעבירים את הביצים שמוטלות בקנים הפזורים על החוף ל"חוות הטלה" – אתר בקיעה מגודר. בזכות מהלך זה עולים סיכויי השרידה של הצבים הקטנים.
בצפון חוף מכמורת, סמוך למסעדת החוף של כושי, ממש על גבולה הדרומי של שמורת גדור – נמצא מועדון הצלילה "לי-ים", ומרצועת החוף שעליו הוא ממוקם גם נוח להיכנס למים. המפרץ מוגן יחסית, כך שפשוט נכנסים למים וצוללים מערבה לעומק הים. בתוך זמן קצר הקרקעית הופכת לאיטה לסלעית ומחורצת בנקיקים רבים. פה ושם אפשר למצוא כוכים בסלעים ואפילו מערות צרות. יתרונו של חוף זה הוא בכך שעומק הקרקעית מגיע לשישה-שבעה מטרים בקרבת החוף, כך שאין צורך בטילוף ארוך על הגב.
בכל אתרי הים התיכון מומלץ להיות מצוידים במצוף סימון, ולעשות בו שימוש לפי הצורך. כשאין לרשותנו סירת צוללים שמניפה דגל צוללים, מומלץ שהמצוף יהיה מנופח וייגרר עם הצוללים במהלך כל הצלילה, ויכלול גם דגל צלילה המזהיר את כלי השיט על הנעשה מתחת לגלים. סכין צלילה היא אביזר בטיחות חשוב, למקרה שנתקלים ברשתות או חוטי דיג. רצוי להצטייד גם בכפפות צלילה להגנה על הידיים, משום שבאתרי החוף תנודות הגלים מורגשות יותר.
בזכות מיקומו של האתר בתוך המפרץ המוגן, תנאי הים נוחים יחסית. כמובן שבדומה לכל אתרי הים התיכון – התנאים משתנים מדי יום וחובה להתעדכן בתחזית יום לפני הצלילה, אך הסיכויים לצלילה נוחה גבוהים באתר זה. במידה שהים גלי הגלים מורגשים גם מתחת למים משום שהצלילה רדודה. הכניסה למים מחוף חולי אך ללא הליכה ארוכה או שחייה מייגעת במים.
שוניות הסלע ומורכבות המצע בחופי שמורת גדור ומכמורת מהווים בית גידול מצוין לחברת חסרי חוליות ישיבים, בהם צדפות, ספוגים ואפילו מושבות אלמוגים. ביניהם מטיילים סרטנים כגון סלען זיפני ופצחן אדמוני, וכן סרטני נזיר רבים. עושר הדגה מפתיע לטובה, ובמיוחד בשנים האחרונות, אולי כתוצאה מההכרזה על האזור כשמורה והגברת השמירה על נכסי הטבע שבו. גם מפגשים עם בטאים (מחבטנים ממינים שונים, קרובי משפחה של הכרישים) נהיו תכופים יותר מבעבר.
בחלק מהצלילה הסלעים מגיעים ממש לפני המים ואם הים מעט גלי, מפץ הגלים מורגש ועשוי לסכן צולל שמתקרב יותר מדי לסלעים. יש לשמור על עירנות ולהתרחק מסלעים חדים כשתנודות הגלים מורגשות בקרבתם.